De oudste gedeelten van de huidige kerk dateren vermoedelijk van het einde van de 15e eeuw. Sommige auteurs zetten resoluut de datum 1486 voorop. De toenmalige kruiskerk onderging in de 18e eeuw kleine uitbreidingen, met twee zijaltaren en twee nissen aan de hoofdbeuk. In 1863-1864 werd de kerk opmerkelijk vergroot, met een doopkapel, een sacristie en twee zijbeuken.
Deze kerk kreeg het in september 1944 zwaar te verduren. Het wegtrekkende Duitse leger gebruikte de toren als uitkijkpost om het Engelse leger over het kanaal te Mol-Donk te kunnen gadeslaan. De Engelsen namen de toren met kanongeschut onder vuur en de hele kerk werd zwaar beschadigd.
De commissie voor monumentenzorg kwam ter plaatse zien of de beschadigde kerk al dan niet voor herstelling in aanmerking kon komen. Ze oordeelde dat de toren hersteld kon worden en ook moesten drie muren blijven staan: ten noorden en ten zuiden de kruisbeuken en ten oosten achter het hoofdaltaar. Momenteel kunnen we dan ook spreken van een driebeukige kerk met kruisbeuk, koor met zijkapellen en westertoren. Bij de wederopbouw van de kerk werd de vloer van de kerk sterk verlaagd, zodat de oude muren ondermetseld moesten worden en oude graven, die zich in de kerk bevonden, verwijderd werden. In het torenhuis bevinden zich nog een aantal oude grafstenen, die toen bewaard werden. Er werden eveneens nog enkele fundamenten gevonden, vermoedelijk van de eerste kruiskerk.
De meeste glasramen in de kerk van Dessel zijn niet zo oud. Bij de wederopbouw na de Tweede Wereldoorlog werd de kerk vergroot. Het koor met de glasruimen uit 1894 bleef bewaard. De andere vensters in de kerk werden in 1950 voorzien van glasramen door Jan Huet (1903-1976), kunst- en glasschilder geboren in Wortel. Vooral de twee grote glasramen in de dwarsbeuken trekken de aandacht. Sint-Niklaas en de Heilige Willibrordus spelen er een hoofdrol in.
In de Sint-Niklaaskerk hangen ook twee grote schilderijen van de grootmeester Karel Ooms. Uit dankbaarheid voor zijn feestelijk ontvangst in 1865 schilderde Ooms voor de zijaltaren van de Sint-Niklaaskerk twee altaarstukken: "Onze-Lieve-Vrouw die de rozenkrans geeft aan de H. Dominicus" (1866) en de "Hemelvaart van Christus"(1868).
bron: Dessel, anno… - deel 2, een publicatie van Heemkundige Kring De Griffioen Dessel vzw
